میرزا علیخان نائینى واقعه سفرِ خود را به طبس چنین نقل کرده است:

در این ازمنه متأخرّه مرحوم امیر حسین خان حاکم طبس تعمیراتِ لایقه از اینجا بوجود آورده که آثارِ آن هنوز برقرار است.

پس از مطالعه و بررسى تاریخچه و موقعیّت شهرستان طبس در رابطه با بناى تاریخى آرامگاه امام زاده حسین بن موسى (ع)، معلوم مى شود این شهرستان که از بلاد و سرزمین هاى باستانى خراسان است، از قدیم در فرهنگِ ساختمان سازى آن، خشت و گل مطرح بوده و بناهاى طبس عمدتاً به وسیله خشت و گل ساخته می شده، لذا بناهاى تاریخى آن که اغلب گلى بودند، به علتِ وجود حوادثِ طبیعى، مانند زلزله هاى مکرّر و حملاتى که به این شهر شده؛ مانند حمله ازبک ها.(2)، به سال 1006 هجرى در عهد شاه عباسِ اول از بین رفته و به همین دلیل این طور که از آثارِ بجاى مانده و خرابه ها معلوم می شود، شهر طبس تاکنون در سه نقطه بازسازى شده و سه بار جاى خود را عوض کرده است.

بارِ اول، این شهر در کنار مقبره امام زاده حسین بن موسى بنا گردیده و آثارِ آن هنوز باقى است.

بارِ دوم هم، در محلِ همین شهر فعلى بوده و دو دروازه داشته که یکى در سمتِ مشرق و دیگرى در سمتِ مغربِ شهر باز مى شده و دورِ شهر هم برج و بارویى بوده که خرابه هاى آن هم اکنون جزء شهرِ جدید درآمده است.

بار سوم محلّى است که اخیراً شهر با سبک و اسلوب شهرسازى ساخته شده و داراى خیابانها و میادینى است و روزبه روز در حال توسعه و ترقّى است.

با توجه به سوابق یاد شده، مقبره امام زاده حسین بن موسى الکاظم (ع) در طبس از قدیم موردِ توجّه و استقبالِ مردم بوده و به سعى و کوششِ ارادتمندانِ به امامتِ و ولایت توسعه یافته و تأسیساتِ جانبى به فضاى سبز در آنجا ایجاد شده بود، اما متأسفانه در زلزله ویرانگرِ طبس به سال 1357 شمسى این بنا بکلّى ویران شد.

در این تخریب، قسمتِ اعظمِ منابعِ درآمد آستانه امام زاده نیز از بین رفته بود و بازسازى بقعه و اماکن جوارِ آن نیاز به هزینه اى سنگین داشت، پس از آن آستان قدس رضوى، با مساعدتِ کامل، اقدام به بازسازى آن بقعه مبارکه و رواقهاى اطراف نمود و به سبکى بسیار عالى، بنایى کاملاً مطلوب و درخور شأنِ این امام زاده لازم التعظیم و در جهتِ رفاه حال زائران با به کارگیرى طرحى جامع، احداث کرد.

بر اساسِ این طرح، توسعه و ایجاد اماکنِ فرهنگى مذهبى و اقامتى در نظر گرفته شده، گرداگرد بقعه، ایوان ها و حجره ها و تأسیساتِ زیادى براى رفاهِ زائران و دیگر هدفهاى مذهبى و فرهنگى ایجاد گردیده و مساحتِ زیادى به فضاى سبز در اطرافِ بقعه اختصاص داده شده است.

در این بناى جدید نیز مانند همه بناهاى آرامگاهى، مرقد امام زاده، هسته اصلى است که مرکّب از اتاقى مربّع با پوششى گنبدى شکل است. مراقد امام زاده در وسط این اتاق، زیر گنبد قرار گرفته و بر روى آن ضریحى نصب شده است. در دروه ضریح، سنگ قبرى از سنگ مرمر اعلا و بسیار ممتاز به ابعاد  267*116  سانتیمتر و حدود یک متر ارتفاع دیده می شود.

در پیرامون این ضریح، رواقهایى چند قرار دارد که ایوانهایى با سردرهاى بلند آنها را از صحن مزار جدا می سازد.

گنبد مزار نیز بسیار زیبا و آراسته به کاشى معرّق است. چهار گلدسته کوچک به عنوان برج ساعت، هر کدام به ارتفاع شش متر در چهار گوشه پشت بام حرم، زیبایى خاصى به مجموعه حرم داده است.

هشت رواق مربّع شکل، به ابعاد 9*9 نیز در گردادگرد حرم قرار دارد و چهار رواق به صورت هشتى به مساحت 78 متر مربّع، در فاصله میان رواق ها ساخته شده است.

در کنار در ورودى حرم، اشعارى به خط زیباى حبیب الله فضائلى نوشته شده که چنین آغاز می شود:

صحن گسترده و باشکوه مزار نیز با غرفه ها و سردرهاى بزرگ پیرامون، 44322 متر مربّع مساحت دارد. این صحن داراى شش سردر ورودى است که کاملاً قرینه سازى شده اند.

در بالاى چهار گوشه صحن، چهار گلدسته بلند و زیبا برافراشته شده است.

یکى از سنگ هاى تاریخى به دست آمده از حوزه بناى باستانى امام زاده، سنگ قبر نسبتاً بزرگى است که بر مزار خواجه شمس الدین حسین شاه بوده است و حدود دو متر طول و سى سانتیمتر عرض و بیش از پانزده سانتیمترقطر دارد. بر سطح این سنگ، نوشته ها و شعرهایى به صورت کنده کارى مشهود است و تاریخ 800 هجرى قمرى بر آن حک شده است. این سنگ تاریخى اکنون در صحن مطهر، نزدیک در ورودى به حرم، در قابى شیشه اى مورد بازدید زائران قرار دارد.